在感染了爱滋病病毒后约二至四星期，身体会因为对病毒作出反应而出现一些病征。有些感染者会出现类似流感的病征（往往被形容为「重感冒」），症状包括发烧、疲倦、喉咙痛、皮疹、腹泻和淋巴肿胀，并可能持续数天至数星期。
在这段期间（空窗期），接受爱滋病病毒抗体测试都未必能检验出感染，但感染者已经可以将病毒传播，而且传染性很强。不过，若你发现自己有以上的病征，亦不应假定自己已经感染爱滋病病毒，原因是这些病征亦可以由其他疾病引致，所以必须请教医生，并接受爱滋病测试。
这个阶段是不会出现任何病征，而且可以维持十年左右。但病毒仍活跃，继续复制及破坏更多CD4淋巴细胞，感染者依然可以在这个阶段把爱滋病病毒传给其他人。如没有接受抗病毒治疗，免疫系统会受到严重受损。
若爱滋病病毒感染者没有接受治疗，病毒最终会损害身体的免疫系统。当免疫系统严重受损，患者容易受到一些通常对健康人士不会致病的病菌和病毒感染，并发某些恶性肿瘤及机会性感染。机会性感染是一些在人类免疫能力下降时乘虚而入的感染，发生这种情况时，感染已经进入发病期，亦即人所共知的爱滋病。如感染爱滋病病毒但没有接受治疗，平均五成的爱滋病病毒感染者会于十年内病发成爱滋病病人。
